Sau một thời gian được ra mắt tại các thị trường Indonesia, Thái Lan, Malaysia là quốc gia tiếp theo tại Đông Nam Á chào đón mẫu xe này. Tại thị trường Malaysia, Toyota Fortuner có hai tùy chọn động cơ xăng và dầu với giá bán giao động từ 46.770 USD - 50.400 USD (~ 1,046 - 1,127 tỷ VNĐ).
Mẫu xe Toyota Fortuner 2016 đã được công bố giá tại Malaysia theo đó giá xe này khởi điểm từ 47.000$ (Khoảng 1 tỷ đồng) đến 50.000$ tại Malaysia, mức giá này cao hơn chút so với phiên bản cũ.